يهتم قسم الوقاية وصحة النباتات بمكافحة الآفات والأمراض التي تصيب النباتات، وذلك من خلال التغذية الجيدة والتحكم البيئي، الذي يعد خط الدفاع الأول ضد كل من الآفات والأمراض في البيوت المحمية، ولكن حتى في أفضل الظروف، يمكن أن تنشأ المشاكل.

البستنة الصحية والمستدامة هي الهدف المتمثل في زراعة نباتات عالية الجودة خالية من الآفات والأمراض غير المرغوب فيها، حيث يعد استخدام نهج IPDM المستدام (الإدارة المتكاملة للآفات والأمراض) أمرًا بالغ الأهمية في زراعة النباتات في حديقة النباتات العمانية. وايضا، تقوم IPDM بإدارة الآفات والأمراض من خلال الجمع بين الأساليب الثقافية والفيزيائية والبيولوجية والكيميائية بطريقة تقلل من المخاطر الاقتصادية والصحية والبيئية، والهدف من ذلك هو إدارة مجموعات الآفات بكفاءة مع تقليل الاعتماد على وسائل المكافحة الكيميائية من خلال الوقاية والمراقبة والتدخل.